自用常备linux命令 - 计算机科学

# 自用的一些常备 linux 命令

基本命令如 cd ls pwd mkdir rm cp mv touch 等

以及如下这些：

	# 查看设备空间使用情况
	df -h

	# 查看本计算节点使用情况
	top

	# 查看文件的生成时间戳
	stat <filename>

	# 查看进程
	ps -ef \| grep 'work12.sh'

	# 杀死进程
	kill <pid>

	# 杀死用户为 & lt;username > 的进程
	pkill -u <username>

	# 查看 CPU 核数
	nproc

	# 运行任务
	nohup taskset -c 0-1 sh work1.sh >/dev/null 2>&1 &
	nohup taskset -c 2-3 sh work2.sh >/dev/null 2>&1 &
	nohup taskset -c 4-5 sh work3.sh >/dev/null 2>&1 &
	nohup taskset -c 6-7 sh work4.sh >/dev/null 2>&1 &
	nohup taskset -c 8-9 sh work5.sh >/dev/null 2>&1 &
	nohup taskset -c 10-11 sh work6.sh >/dev/null 2>&1 &
	nohup taskset -c 12-13 sh work7.sh >/dev/null 2>&1 &
	nohup taskset -c 14-15 sh work8.sh >/dev/null 2>&1 &
	nohup taskset -c 16-17 sh work9.sh >/dev/null 2>&1 &
	nohup taskset -c 18-19 sh work10.sh >/dev/null 2>&1 &
	nohup taskset -c 20-21 sh work11.sh >/dev/null 2>&1 &
	nohup taskset -c 22-23 sh work12.sh >/dev/null 2>&1 &

清除原本的 minimized_pdb 文件，以及，查看当下文件中 minimized_pdb 文件数量的命令：

	find . -type f -name '*_minimized.pdb' -exec rm -f {} +
	find . -type f -name '*_minimized.pdb' \| wc -l

限时 60s，并指定每个任务占据核的编号

查看当下文件夹下每个文件占据多少空间

du -h --max-depth=1 | sort -hr

常用的一套命令

	find . -type f -name '*_center.pdb' \| wc -l
	rsync -auvh *_center.pdb ../recon11_5w_center/
	vim get(tab补全)
	module load Anaconda3
	conda activate
	vim minimi_dihe(tab补全)
	module load NAMD/CPU/2.14
	ps -ef \| grep 'work12.sh'
	find . -type f -name '*_minimized.pdb' \| wc -l

	rsync -auvhz *_minimized.pdb zhaomiaomiao@XXXLab:/mnt/sto2/zhaomiaomiao/select_trainset_241203/mini4w_reconset/mini_pdbs/recon1_4w_pdb/

	rsync -auvhz *.log zhaomiaomiao@XXXLab:/mnt/sto2/zhaomiaomiao/select_trainset_241203/mini4w_reconset/mini_logs/recon1_4w_log/

	nohup namd2 +p4 work1.tcl > /dev/null 2>&1 &

另一套命令

	module load CUDA/11.0.0
	module load VMD/1.9.3
	vmd -dispdev none -e hbb_align2initial.tcl.txt

只需要传输文件（不包括文件夹及其子文件）

rsync -av --progress --exclude='*/' ./ ../task2/